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當反避稅條例修法通過並正式施行之後，對境外公司台灣分公司來說，這樣的組織結構，可能被迫必須面對極大的稅賦衝擊，之所以會有這樣的可能性，最主要原因就在於，所得稅法43之3條、43之4條的稅賦綜效所導致。
以往，境外總公司的台灣分公司，僅需繳納營所稅後，即可將剩餘利潤直接返還境外總公司。然而，當所得稅法43之3條-受控外國公司所得制度，以及所得稅法43之4條-實際管理處所認定，這兩條法案一旦通過且執行，境外公司台灣分公司的組織結構，將可能面臨以下的稅賦問題：
一、台灣分公司課徵營所稅，當年度剩餘的淨利返還境外總公司。
二、當境外總公司實際管理處所在台灣時，依據所得稅法43之4條的規範，淨利的分配需開立扣繳憑單並完成扣繳申報。
三、若境外總公司盈餘未分配的話，可能尚有未分配盈餘加增的考量。
境外公司的稅制，將於台灣公司趨於一致，再再都牽動著境外公司台灣分公司操作者的稅賦風險，實不容輕忽與漠視。
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參考資料：
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