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诊所、医疗院所的医师，在领取报酬时，应依医师个人与组织之间的关系，归类相关报酬；而医师的报酬，约可区分为『薪资所得』与『执行业务收入』两大类。
一、医师於聘雇关系下的劳务报酬：
受雇医师的劳务报酬，属於薪资所得，包含
(一)类别：薪资所得
(二)扣除：薪资特别扣除额；定额扣除，有限额
(三)特徵：医师与诊所或医疗院所之间存在聘雇关系，故受诊所或医疗院所指挥，不负诊所营运的盈亏责任，并按聘雇合约与绩效计算报酬之医师，为受雇医师
(四)依据：台财税字第10000461580号
二、医师於实质合伙下的所得报酬：
实质合伙下的医师，所得包含薪资所得、执行业务收入，合计两项
(一)类别：薪资所得
1.扣除：薪资特别扣除额；定额扣除，有限额
2.特徵：已於联合执业合约中，约定薪资所得
3.依据：执行业务所得查核办法§18
2.特徵：已於联合执业合约中，约定薪资所得
3.依据：执行业务所得查核办法§18
(二)类别：执行业务收入
1.扣除：可依部颁费用率或帐载核实数，扣除必要支出
2.特徵：合伙医师乃实质出资且共同营运，一起承担相关成本与支出，依联合执业合约，分配盈余，故包含：诊所或医疗院不具雇佣关系之负责人，或联合诊所个别开业医师适用
3.依据：台财税字第10100547800号
3.依据：台财税字第10100547800号
由此可知，并非诊所或医疗院所其给付医师的报酬，均为执行业务收入；虽然，执行业务收入可扣除的支出，较薪资特别扣除额多，但相关解释函令，均有限缩其认定上的趋势。
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参考资料：
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