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私人診所、醫療院所的受僱醫師，其於聘僱關係之下所領取的報酬，實屬薪資所得(50)，而非執行業務收入(9A)，故並非以逾NTD20,000為補充保費的扣費門檻，而應該回歸薪資所屬二代健保的計算方式，方能正確計算二代健保的扣費金額。
薪資所得(50)相關二代健保的補充保費，包含：高額獎金、兼職薪資這兩大類，各有不同的扣費計算，計算方式端視受僱醫師與診所之間的聘僱關係而定；然而，只要是與薪資所得(50)相關的二代健保，私人診所與醫療院所，除了有代扣責任之外，亦有自付補充保費的義務。
一、私人診所與醫療院所的代扣責任
(一)受僱正職醫師的高額獎金
受僱醫師為正職，於診所或醫療院所納保全民健保，若受僱醫師領取的獎金，年度累積超過全民健保納保級距的四倍以上，將會跟進二代健保的扣費計算；再者，若合夥醫師未以專職技職者身分納保，亦會有高額獎金於二代健保扣費上的跟進計算。
(二)受僱兼職醫師的兼職薪資
受僱醫師為兼職，且未於診所或醫療院所納保全民健保的話，當受僱醫師領取兼職薪資超過基本工資時，將會跟進二代健保的扣費計算。
私人診所與醫療院所扣取以上補充保費後，應於次月月底之前代繳給健保局，並於次年一月底之前，完成明細申報的程序。
二、私人診所與醫療院所的自付義務
私人診所與醫療院所支付的薪資所得(50)之中，若含有獎金與兼職薪資時，尚須以支付薪資總額，扣除受雇員工投保全民健保之金額，以計算給付單位應自付的補充保費，並於次月月底之前完成繳納，但自付補充保費並無明細需要申報。
是故，私人診所、醫療院所在審視二代健保扣費之前，需先釐清給付所得的性質，才能以正確的方式扣取二代健保，並依法完成繳納與申報的程序。
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參考資料：
翰鼎會計記帳士事務所
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