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由於诊所的执行业务收入，如：医师诊疗行为的执业报酬、药师配药的执业报酬...等执行业务收入，依加值型及非加值型营业税法§3，并不是营业税的课税范围，故无需开立发票，也无须申报营业税。
然而，非属执行业务报酬的营业收入，如：眼科诊所附加眼镜销售、牙科诊所附加牙刷销售、骨科诊所附加护膝销售、动物医院附加猫狗饲料销售、药局附加健康食品销售...等销售的收益，即存在有营业税的要件，故须以公司或行号的型态经营，并依法申报缴纳营业税，后续也会再跟进公司或行号的所得税申报缴纳义务。
然而，应以公司还是行号赚取非属执业收入的营收，需考量以下两个要件：
一、是否需建立风险防火
由於行号的责任，与个人绑定在一起，故若需要架构营运风险的防火措施的话，则需以公司型态来经营，让医师的风险能限制在股东出资的限额内。
二、是否需递延盈余分配
由於行号的获益，与个人绑定在一起，若直接并入医师当年度综合所得额内的话，可能税率相对较高，如果需递延盈余时，即需以公司型态经营。
再者，部分医师与执行业务者多会考量：既然已经成立公司经营非属执行业务的营业收入，不如再将该公司当作是自己的控股公司，把个人的股票投资、不动产购置，甚至部分执行业务收入，全数纳入该控股公司名下；然而，这样的安排，可能会产生税赋变数的增加，甚至有违法疑虑的风险产生，包含：
一、以营运公司持有股份股权
以营运公司持有医师个人所投资的股份或股权时，存在以下的税赋变数：
(一)年度营业税须计算进项税额不得扣抵比例，恐导致多缴的税赋变数。
(二)可能会有股份年度评价，导致未分配盈余增减的加徵税赋变数。
(三)出售时的资本利得税赋，相对高於个人出售时的税赋。
(四)存在所得税法§14之3：视为恶意递延的税赋隐忧。
二、以营运公司赚取执业收入
以营运公司赚取执行业务收入，存在以下的违法疑虑与税赋变数：
(一)以公司赚取医师执行业务收入，存在违反医疗法规的隐忧
(二)以公司赚取医师执业收入，存在漏报缴印花税的疑虑
(三)以公司赚取医师执业收入，实质税赋恐高於以个人综所税申报
三、以营运公司持有不动产
以营运公司持有不动产，存在以下的税赋变数：
(一)以公司名义持有不动产，房屋税与地价税的税赋较高
(二)以公司名义持有不动产，不利於后代受赠与继承上的税赋规划
(三)以公司名义出售或出租不动产，实质税赋恐高於以个人综所税申报
以上变数都是在医师以控股公司架构，规划个人资产布局时，需多所考量的税赋风险与疑虑。
相关细节与说明，欢迎参与以下研讨：
【控股公司在医师节税架构上的运用解析】...more
【诊所、医师的查税案例与税赋风险解析】...more
参考资料：
翰鼎会计记帐士事务所
注：请尊重本人之智慧财产与著作权，请勿复制、转贴、抄袭於公开与非公开资讯、引述於非校园内之学术用途或以各形式为下载、出版之用，若经发现将寻求法律的必要保障。若需引用请详细载明出处与来源，谢谢您。
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然而，非属执行业务报酬的营业收入，如：眼科诊所附加眼镜销售、牙科诊所附加牙刷销售、骨科诊所附加护膝销售、动物医院附加猫狗饲料销售、药局附加健康食品销售...等销售的收益，即存在有营业税的要件，故须以公司或行号的型态经营，并依法申报缴纳营业税，后续也会再跟进公司或行号的所得税申报缴纳义务。
然而，应以公司还是行号赚取非属执业收入的营收，需考量以下两个要件：
一、是否需建立风险防火
由於行号的责任，与个人绑定在一起，故若需要架构营运风险的防火措施的话，则需以公司型态来经营，让医师的风险能限制在股东出资的限额内。
二、是否需递延盈余分配
由於行号的获益，与个人绑定在一起，若直接并入医师当年度综合所得额内的话，可能税率相对较高，如果需递延盈余时，即需以公司型态经营。
再者，部分医师与执行业务者多会考量：既然已经成立公司经营非属执行业务的营业收入，不如再将该公司当作是自己的控股公司，把个人的股票投资、不动产购置，甚至部分执行业务收入，全数纳入该控股公司名下；然而，这样的安排，可能会产生税赋变数的增加，甚至有违法疑虑的风险产生，包含：
一、以营运公司持有股份股权
以营运公司持有医师个人所投资的股份或股权时，存在以下的税赋变数：
(一)年度营业税须计算进项税额不得扣抵比例，恐导致多缴的税赋变数。
(二)可能会有股份年度评价，导致未分配盈余增减的加徵税赋变数。
(三)出售时的资本利得税赋，相对高於个人出售时的税赋。
(四)存在所得税法§14之3：视为恶意递延的税赋隐忧。
二、以营运公司赚取执业收入
以营运公司赚取执行业务收入，存在以下的违法疑虑与税赋变数：
(一)以公司赚取医师执行业务收入，存在违反医疗法规的隐忧
(二)以公司赚取医师执业收入，存在漏报缴印花税的疑虑
(三)以公司赚取医师执业收入，实质税赋恐高於以个人综所税申报
三、以营运公司持有不动产
以营运公司持有不动产，存在以下的税赋变数：
(一)以公司名义持有不动产，房屋税与地价税的税赋较高
(二)以公司名义持有不动产，不利於后代受赠与继承上的税赋规划
(三)以公司名义出售或出租不动产，实质税赋恐高於以个人综所税申报
以上变数都是在医师以控股公司架构，规划个人资产布局时，需多所考量的税赋风险与疑虑。
相关细节与说明，欢迎参与以下研讨：
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【诊所、医师的查税案例与税赋风险解析】...more
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翰鼎会计记帐士事务所
注：请尊重本人之智慧财产与著作权，请勿复制、转贴、抄袭於公开与非公开资讯、引述於非校园内之学术用途或以各形式为下载、出版之用，若经发现将寻求法律的必要保障。若需引用请详细载明出处与来源，谢谢您。