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私人诊所、医疗院所的受雇医师，其於聘雇关系之下所领取的报酬，实属薪资所得(50)，而非执行业务收入(9A)，故并非以逾NTD20,000为补充保费的扣费门槛，而应该回归薪资所属二代健保的计算方式，方能正确计算二代健保的扣费金额。
薪资所得(50)相关二代健保的补充保费，包含：高额奖金、兼职薪资这两大类，各有不同的扣费计算，计算方式端视受雇医师与诊所之间的聘雇关系而定；然而，只要是与薪资所得(50)相关的二代健保，私人诊所与医疗院所，除了有代扣责任之外，亦有自付补充保费的义务。
一、私人诊所与医疗院所的代扣责任
(一)受雇正职医师的高额奖金
受雇医师为正职，於诊所或医疗院所纳保全民健保，若受雇医师领取的奖金，年度累积超过全民健保纳保级距的四倍以上，将会跟进二代健保的扣费计算；再者，若合伙医师未以专职技职者身分纳保，亦会有高额奖金於二代健保扣费上的跟进计算。
(二)受雇兼职医师的兼职薪资
受雇医师为兼职，且未於诊所或医疗院所纳保全民健保的话，当受雇医师领取兼职薪资超过基本工资时，将会跟进二代健保的扣费计算。
私人诊所与医疗院所扣取以上补充保费后，应於次月月底之前代缴给健保局，并於次年一月底之前，完成明细申报的程序。
二、私人诊所与医疗院所的自付义务
私人诊所与医疗院所支付的薪资所得(50)之中，若含有奖金与兼职薪资时，尚须以支付薪资总额，扣除受雇员工投保全民健保之金额，以计算给付单位应自付的补充保费，并於次月月底之前完成缴纳，但自付补充保费并无明细需要申报。
是故，私人诊所、医疗院所在审视二代健保扣费之前，需先厘清给付所得的性质，才能以正确的方式扣取二代健保，并依法完成缴纳与申报的程序。
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参考资料：
翰鼎会计记帐士事务所
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