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診所申報執行業務所得之時，可依財政部所頒定的費用率，直接逕行申報，亦可自行設帳，並依據診所的帳載金額，申報『執行業務所得損益計算表』；前者的申報方式，較為方便，而後者，則較為符合診所真實營運的成果。
然而，當診所依據設帳金額，填具當年度執行業務所得損益計算表時，除應留意申報書上，申報金額欄、自行調整後金額欄的填具應注意事項外，自行調整後金額欄，最下方的【純益率】與【本年度所得額】，亦有應留意的細節與適用要件。
其中，當診所以設帳申報執行業務所得之時，自行調整後金額欄下的純益率，有以下三種決定方式：
一、按書審純益率核定
財政部每年會公佈執行業務所得者，適用的書審純益率，如：中西醫20%、牙醫25%，故診所於申報之前，要留意需同時符合以下兩個要件：
(一)依法入帳後的申報金額欄所得額，應該低於自行調整後金額欄；且
(二)自行填寫調整後金額欄的純益率，需達書審純益率以上標準。
才能適用依據書審純益率申報的方式。
二、按前三年平均純益率核定
依據診所前三年純益率平均值，核定為診所的純益率，但計算前三年純益率平均值時，須留意以下限制：
(一)前三年純益率，若未達6%，不併入平均值計算之列。
(二)醫療院所收入超過1億，事務所收入超過2億，若前三年經核定的純益率，與自行申報的純益，其差異未達1%，即便平均純益率低於6%，亦可適用。
(三)此法僅適用五年，第六年應改以通知查帳的方式申報，除非符合特定要件。
再者，診所依此法申報前，亦要留意需同時符合以下兩要件：
(一)依法入帳後的申報金額欄所得額，應低於自行調整後金額欄；且
(二)自行填寫調整後金額欄的純益率，需達前三年平均純益率以上標準。
才能適用依據前三年平均純益率核定申報的方式。
三、通知查帳
直接依設帳的帳載數，依法自行填寫申報金額欄、自行調整後金額欄，逕行申報。
相關細節與說明，歡迎參與以下研討：
【各類所得扣繳申報】...more
【私人診所的稅賦申報解析項】...more
【執行業務所得(組織)稅務申報與二代健保】...more
參考資料：
翰鼎會計記帳士事務所
註：請尊重本人之智慧財產與著作權，請勿複製、轉貼、抄襲於公開與非公開資訊、引述於非校園內之學術用途或以各形式為下載、出版之用，若經發現將尋求法律的必要保障。若需引用請詳細載明出處與來源，謝謝您。
(二)醫療院所收入超過1億，事務所收入超過2億，若前三年經核定的純益率，與自行申報的純益，其差異未達1%，即便平均純益率低於6%，亦可適用。
(三)此法僅適用五年，第六年應改以通知查帳的方式申報，除非符合特定要件。
再者，診所依此法申報前，亦要留意需同時符合以下兩要件：
(一)依法入帳後的申報金額欄所得額，應低於自行調整後金額欄；且
(二)自行填寫調整後金額欄的純益率，需達前三年平均純益率以上標準。
才能適用依據前三年平均純益率核定申報的方式。
三、通知查帳
直接依設帳的帳載數，依法自行填寫申報金額欄、自行調整後金額欄，逕行申報。
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