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診所、醫療院所的醫師，在領取報酬時，應依醫師個人與組織之間的關係，歸類相關報酬；而醫師的報酬，約可區分為『薪資所得』與『執行業務收入』兩大類。
一、醫師於聘僱關係下的勞務報酬：
受僱醫師的勞務報酬，屬於薪資所得，包含
(一)類別：薪資所得
(二)扣除：薪資特別扣除額；定額扣除，有限額
(三)特徵：醫師與診所或醫療院所之間存在聘僱關係，故受診所或醫療院所指揮，不負診所營運的盈虧責任，並按聘僱合約與績效計算報酬之醫師，為受僱醫師
(四)依據：台財稅字第10000461580號
二、醫師於實質合夥下的所得報酬：
實質合夥下的醫師，所得包含薪資所得、執行業務收入，合計兩項
(一)類別：薪資所得
1.扣除：薪資特別扣除額；定額扣除，有限額
2.特徵：已於聯合執業合約中，約定薪資所得
3.依據：執行業務所得查核辦法§18
2.特徵：已於聯合執業合約中，約定薪資所得
3.依據：執行業務所得查核辦法§18
(二)類別：執行業務收入
1.扣除：可依部頒費用率或帳載核實數，扣除必要支出
2.特徵：合夥醫師乃實質出資且共同營運，一起承擔相關成本與支出，依聯合執業合約，分配盈餘，故包含：診所或醫療院不具雇傭關係之負責人，或聯合診所個別開業醫師適用
3.依據：台財稅字第10100547800號
3.依據：台財稅字第10100547800號
由此可知，並非診所或醫療院所其給付醫師的報酬，均為執行業務收入；雖然，執行業務收入可扣除的支出，較薪資特別扣除額多，但相關解釋函令，均有限縮其認定上的趨勢。
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參考資料：
翰鼎顧問股份有限公司
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