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每年五月，当诊所申报年度执行业务所得之时，无论是以部颁费用率申报，或以帐载核实数申报，只要诊所存在合伙投资状况的话，都须同时申报合伙人的个人资讯、合伙比例...等资讯；并将诊所的执行业务所得，依合伙比例分配给各个合伙人；各合伙人再将所分得的执行业务所得，并入个人综合所得额中，连同其他所得来源，一并申报综所税。
而当诊所申报执行业务所得时，若申报年度有合伙状态改变，如：独资变合伙、合伙人数与比例增减...等，都须在申报时，一并将合伙合约检附给税务机关，以供查核。而诊所的合伙合约中，至少需具备以下几个要件，包含：
1.合伙人的个人资讯，包含：姓名、身分证字号、执业证照号码、联系方式
2.合伙人的出资资讯，包含：出资比例、出资方式
3.合伙人的共同约定，包含：诊所名称、薪资、权利义务、代表人
4.合伙人的进退约定，包含：退出合伙、转让出资比例、增加合伙
5.其他
然而，实务上，假若诊所并未有合伙事实，却在申报执行业务所得时，以虚假的合约，分散实际受益人的所得的话，这绝对是违法的行为。常见的查核方式，包含：
一、确认合伙出资的真实性：是否能提供出资金流或出资财产的证明
二、确认盈余配发的真实性：是否能提供依合伙比例分配的金流证明
三、确认合伙事实的真实性：合伙合约内是否有不均的权利义务关系
四、其他，如：实际受益人的登记资产，是否与其申报所得失衡...等
是故，若仅以书面合约载明合伙比例，藉此分散执行业务所得，但实际上的获益，却都回流给实际受益人，除了是严重违法的漏税行为之外，也无法应对实质的稽徵查核。
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参考资料：
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