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当反避税条例修法通过并正式施行之后，对境外公司台湾分公司来说，这样的组织结构，可能被迫必须面对极大的税赋冲击，之所以会有这样的可能性，最主要原因就在於，所得税法43之3条、43之4条的税赋综效所导致。
以往，境外总公司的台湾分公司，仅需缴纳营所税后，即可将剩余利润直接返还境外总公司。然而，当所得税法43之3条-受控外国公司所得制度，以及所得税法43之4条-实际管理处所认定，这两条法案一旦通过且执行，境外公司台湾分公司的组织结构，将可能面临以下的税赋问题：
一、台湾分公司课徵营所税，当年度剩余的净利返还境外总公司。
二、当境外总公司实际管理处所在台湾时，依据所得税法43之4条的规范，净利的分配需开立扣缴凭单并完成扣缴申报。
三、若境外总公司盈余未分配的话，可能尚有未分配盈余加增的考量。
境外公司的税制，将於台湾公司趋於一致，再再都牵动著境外公司台湾分公司操作者的税赋风险，实不容轻忽与漠视。
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